软件包：yanosim（0.1-5 以及其他的）

yanosim 的相关链接

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下载源码包 yanosim：

维护小组：

外部的资源：

主页 [github.com]

相似软件包：

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

其他与 yanosim 有关的软件包

依赖

推荐

建议

增强

dep: python3

交互式高级面向对象语言（默认 python3 版本）
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3

下载 yanosim

下载可用于所有硬件架构的
硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
amd64	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
arm64	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
armel	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
armhf	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
hppa （非官方移植版）	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[文件列表]
i386	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
mips64el	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[文件列表]
ppc64el	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
riscv64	0.1-5+b1	9.7 kB	46.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[文件列表]