Balík: yanosim (0.1-5 a iné)

Odkazy pre yanosim

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík yanosim:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom yanosim

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-click

wrapper optparse na tvorbu mocných nástrojov príkazového riadka - Python 3.x
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

vedecké nástroje pre Python 3

Stiahnuť yanosim

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.1-5+b1	9.7 kB	46.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]