Paket: miniasm (0.3+dfsg-4 och andra)

Länkar för miniasm

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet miniasm:

Ansvariga:

Externa resurser:

Hemsida [github.com]

Liknande paket:

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Märken: Biologi: Nucleic Acids, Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andra paket besläktade med miniasm

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

rec: minimap

tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Hämta miniasm

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	31,2 kbyte	83,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 kbyte	71,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.3+dfsg-4	26,4 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	29,3 kbyte	67,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 kbyte	78,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	38,2 kbyte	113,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	25,9 kbyte	66,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 kbyte	86,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	32,3 kbyte	147,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 kbyte	83,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 kbyte	60,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 kbyte	70,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	29,0 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	26,4 kbyte	1.044,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.3+dfsg-4	29,0 kbyte	70,0 kbyte	[filförteckning]