Paket: bifrost (1.3.1-1)

Länkar för bifrost

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet bifrost:

Ansvariga:

Externa resurser:

Hemsida [github.com]

Liknande paket:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Andra paket besläktade med bifrost

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej alpha, ia64, riscv64, sparc64]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU standardbibliotek v3 för C++
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta bifrost

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	481,4 kbyte	1.305,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	500,0 kbyte	1.222,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	470,1 kbyte	1.173,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	563,5 kbyte	1.966,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	462,5 kbyte	1.326,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	504,8 kbyte	1.366,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	510,8 kbyte	1.366,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	505,7 kbyte	1.006,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	510,2 kbyte	1.273,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	468,5 kbyte	1.311,0 kbyte	[filförteckning]