Paket: stringtie (2.1.4+ds-4)

Länkar för stringtie

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet stringtie:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Steffen Moeller (QA-sida)
Nilesh Patra (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [ccb.jhu.edu]

Liknande paket:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Andra paket besläktade med stringtie

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [ej amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

GNU standardbibliotek v3 för C++
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

rec: stringtie-examples

Paketet inte tillgängligt

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Hämta stringtie

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	397,0 kbyte	1.018,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	340,6 kbyte	970,0 kbyte	[filförteckning]
armel	332,9 kbyte	949,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	344,0 kbyte	657,0 kbyte	[filförteckning]
i386	419,7 kbyte	1.237,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	356,1 kbyte	1.194,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	350,4 kbyte	1.177,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	402,0 kbyte	1.310,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	354,9 kbyte	1.078,0 kbyte	[filförteckning]