Пакунок: stringtie (2.1.4+ds-4)

Links for stringtie

Debian Resources:

Download Source Package stringtie:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Steffen Moeller (QA Page)
Nilesh Patra (QA Page)

External Resources:

Homepage [ccb.jhu.edu]

Similar packages:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Інші пакунки пов'язані з stringtie

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

Допоміжна бібліотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

rec: stringtie-examples

Пакунок недоступний

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Завантажити stringtie

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	397.0 kB	1,018.0 kB	[список файлів]
arm64	340.6 kB	970.0 kB	[список файлів]
armel	332.9 kB	949.0 kB	[список файлів]
armhf	344.0 kB	657.0 kB	[список файлів]
i386	419.7 kB	1,237.0 kB	[список файлів]
mips64el	356.1 kB	1,194.0 kB	[список файлів]
mipsel	350.4 kB	1,177.0 kB	[список файлів]
ppc64el	402.0 kB	1,310.0 kB	[список файлів]
s390x	354.9 kB	1,078.0 kB	[список файлів]