Paket: ngmlr (0.2.7+dfsg-4 och andra)

Länkar för ngmlr

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet ngmlr:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Nilesh Patra (QA-sida)
Pranav Ballaney (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [github.com]

Liknande paket:

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Andra paket besläktade med ngmlr

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, i386, mipsel]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

GNU standardbibliotek v3 för C++

dep: libstdc++6 (>= 9) [ej armel, armhf]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta ngmlr

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	0.2.7+dfsg-4+b1	664,2 kbyte	1.143,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.2.7+dfsg-4+b1	647,3 kbyte	1.111,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.2.7+dfsg-4+b1	642,9 kbyte	1.102,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.2.7+dfsg-4+b1	645,3 kbyte	1.002,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.2.7+dfsg-4+b1	672,6 kbyte	1.166,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.2.7+dfsg-4+b1	651,3 kbyte	1.210,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	0.2.7+dfsg-4+b1	656,8 kbyte	1.206,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.2.7+dfsg-4+b1	669,4 kbyte	1.235,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.2.7+dfsg-4+b1	648,1 kbyte	1.155,0 kbyte	[filförteckning]