Balík: maffilter (1.3.1+dfsg-6)

Odkazy pre maffilter

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík maffilter:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [jydu.github.io]

Podobné balíky:

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom maffilter

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

knižnica Boost.Iostreams
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

knižnica Boost.Iostreams
dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

Bio++ Core library
dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

Bio++ Phylogenetics library: genomics components
dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

Bio++ Phylogenetic library
dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

Bio++ Sequence library: genomics components
dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

Bio++ Sequence library
dep: libbz2-1.0 [sparc64]

kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica
dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

podporná knižnica GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

podporná knižnica GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha]

štandardná knižnica C++ GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

komprimačná knižnica - dynamická verzia

sug: maffilter-examples

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Stiahnuť maffilter

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	240.8 kB	1,373.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	259.5 kB	1,308.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	237.9 kB	1,368.0 kB	[zoznam súborov]
armel	222.9 kB	1,179.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	228.8 kB	1,039.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	248.4 kB	1,250.0 kB	[zoznam súborov]
i386	266.2 kB	1,271.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	273.0 kB	1,911.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	248.5 kB	1,255.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	225.2 kB	1,489.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	256.3 kB	1,560.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	254.5 kB	1,432.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	248.2 kB	1,176.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	247.8 kB	1,320.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	284.3 kB	1,304.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	220.7 kB	1,503.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	258.5 kB	1,251.0 kB	[zoznam súborov]