Пакет: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4)

Ссылки для libtfbs-perl

Ресурсы Debian:

Исходный код libtfbs-perl:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [tfbs.genereg.net]

Подобные пакеты:

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Роль: Библиотека разработчика, Программа

Другие пакеты, относящиеся к libtfbs-perl

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bioperl

Perl tools for computational molecular biology
dep: libc6 (>= 2.38)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libdbi-perl

Perl-интерфейс к базам данных (DBI)
dep: libwww-perl

простой и надёжный интерфейс для Всемирной паутины
dep: pdl (>= 1:2.089-1)

perl data language: Perl extensions for numerics
dep: pdlapi-20

виртуальный пакет, предоставляемый pdl
dep: perl (>= 5.38.2-5)

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: perlapi-5.38.2 [не armel, armhf]

виртуальный пакет, предоставляемый perl-base
dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf]

виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

rec: libgd-gd2-perl

виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

или libgd-gd2-noxpm-perl

виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

Загрузка libtfbs-perl

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	218,2 Кб	980,0 Кб	[список файлов]
arm64	218,6 Кб	1 028,0 Кб	[список файлов]
armel	219,3 Кб	980,0 Кб	[список файлов]
armhf	217,7 Кб	976,0 Кб	[список файлов]
i386	218,9 Кб	980,0 Кб	[список файлов]
mips64el	218,3 Кб	1 029,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	219,1 Кб	1 028,0 Кб	[список файлов]
riscv64	218,8 Кб	976,0 Кб	[список файлов]
s390x	218,5 Кб	980,0 Кб	[список файлов]