Пакет: stacks (2.67+dfsg-1) [debports]
Ссылки для stacks
Ресурсы Debian:
Исходный код :
Не найденСопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [creskolab.uoregon.edu]
Подобные пакеты:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Другие пакеты, относящиеся к stacks
|
|
|
|
-
- dep: bsdextrautils
- дополнительные инструменты из 4.4BSD-Lite
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libdbi-perl
- Perl-интерфейс к базам данных (DBI)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- библиотека сжатия
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
также виртуальный пакет, предоставляемый r-cran-littler
-
- sug: gdb
- GNU Debugger
также виртуальный пакет, предоставляемый gdb-minimal
Загрузка stacks
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| x32 (неофициальный перенос) | 1 224,8 Кб | 5 737,0 Кб | [список файлов] |