Пакет: seqan-raptor (3.0.1+ds-5 и другие)

Ссылки для seqan-raptor

Ресурсы Debian:

Исходный код seqan-raptor:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Другие пакеты, относящиеся к seqan-raptor

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbz2-1.0

библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0)

YAML parser and emitter for C++
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

sug: cwl-runner

виртуальный пакет, предоставляемый cwltool, toil

Загрузка seqan-raptor

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
riscv64	3.0.1+ds-5+b1	620,9 Кб	1 560,0 Кб	[список файлов]