Пакет: r-bioc-rsamtools (2.20.0+dfsg-1 и другие)

Ссылки для r-bioc-rsamtools

Ресурсы Debian:

Исходный код r-bioc-rsamtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [bioconductor.org]

Подобные пакеты:

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-rsamtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbz2-1.0 [не hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
dep: libc6 (>= 2.15) [m68k, sparc64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, m68k, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [hppa, ia64, sh4, x32]

простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)
dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Пакет недоступен
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Пакет недоступен
dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [не hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

библиотека для работы с архивами в формате XZ
dep: libstdc++6 (>= 11) [не m68k, sparc64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе
dep: r-api-3.4 [m68k]

Пакет недоступен
dep: r-api-3.5 [sparc64]

Пакет недоступен
dep: r-api-4.0 [не m68k, sparc64]

виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Пакет недоступен
dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

Пакет недоступен
dep: r-api-bioc-3.19 [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics
dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

Пакет недоступен
dep: r-base-core (>= 3.4.2-2) [m68k]

GNU R core of statistical computation and graphics system

dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3) [m68k]

generic functions for Bioconductor

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-biocparallel [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor facilities for parallel evaluation

dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

GNU R string objects representing biological sequences

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]

dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3) [hppa, ia64, sh4, x32]

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1) [m68k]

BioConductor representation and manpulation of external sequences

dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-zlibbioc [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package

dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-cran-bitops

GNU R package implementing bitwise operations
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [не hppa, sh4, x32]

библиотека сжатия

rec: r-bioc-shortread

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
rec: r-cran-runit

GNU R package providing unit testing framework

sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
sug: r-bioc-genomicalignments [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
sug: r-bioc-genomicfeatures [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

sug: r-bioc-shortread (>= 1.62.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
sug: r-cran-knitr [не m68k, sparc64, x32]

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-runit [не sparc64]

GNU R package providing unit testing framework

Загрузка r-bioc-rsamtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.20.0+dfsg-1	3 509,6 Кб	5 837,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.20.0+dfsg-1	3 515,2 Кб	5 655,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.20.0+dfsg-1	3 481,1 Кб	5 644,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1	3 506,9 Кб	5 731,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 636,0 Кб	6 843,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.30.0-1	3 206,0 Кб	5 170,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.20.0+dfsg-1	3 470,0 Кб	5 831,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.20.0+dfsg-1	3 554,1 Кб	6 231,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.20.0+dfsg-1	3 564,3 Кб	6 092,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.20.0+dfsg-1	3 527,0 Кб	5 435,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.20.0+dfsg-1	3 529,0 Кб	5 795,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.18.0+dfsg-1	3 552,9 Кб	5 453,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.34.1-1	3 424,1 Кб	5 736,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.14.0-1	3 666,4 Кб	5 700,0 Кб	[список файлов]