[ trixie ]
[ sid ]
[ Источник: bifrost ]
Пакет: bifrost (1.3.1-1)
Ссылки для bifrost
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код bifrost:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.
* Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph * No need to build the uncompacted de Bruijn graph * Reads or assembled genomes as input * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary * Graph cleaning: short tip clipping, etc. * Multi-threaded * No parameters to estimate with other tools * Exact or approximate k-mer search of queries
Другие пакеты, относящиеся к bifrost
|
|
|
|
-
- dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)
- library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не alpha, ia64, riscv64, sparc64]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- библиотека сжатия
Загрузка bifrost
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| alpha (неофициальный перенос) | 481,4 Кб | 1 305,0 Кб | [список файлов] |
| amd64 | 500,0 Кб | 1 222,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 470,1 Кб | 1 173,0 Кб | [список файлов] |
| ia64 (неофициальный перенос) | 563,5 Кб | 1 966,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 462,5 Кб | 1 326,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64 (неофициальный перенос) | 504,8 Кб | 1 366,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 510,8 Кб | 1 366,0 Кб | [список файлов] |
| riscv64 | 505,7 Кб | 1 006,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 510,2 Кб | 1 273,0 Кб | [список файлов] |
| sparc64 (неофициальный перенос) | 468,5 Кб | 1 311,0 Кб | [список файлов] |