Пакет: ncbi-blast+ (2.12.0+ds-4 и другие)
Ссылки для ncbi-blast+
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код ncbi-blast+:
- [ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.dsc]
- [ncbi-blast+_2.12.0+ds.orig.tar.xz]
- [ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Olivier Sallou (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Aaron M. Ucko (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [www.ncbi.nlm.nih.gov]
Подобные пакеты:
поиск первичных биологических последовательностей
Популярная программа для поиска гомологичных последовательностей. Есть варианты BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), которые сравнивают нуклеотидные последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков, есть, которые сравнивают аминокислотные последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков, а также есть варианты способные транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные и потом выполнять поиск по соответствующим базам. PSI-BLAST создаёт PSSM (Position Specific Scoring Matrix) при поиске белковых гомологов и использует её для дальнейших поисков. Можно также выполнять поиск белков и нуклеотидов по базе данных PSSM. NCBI поддерживает веб-страницу BLAST по адресу blast.ncbi.nlm.nih.gov, а также сетевой сервис поиска известных последовательностей.
Другие пакеты, относящиеся к ncbi-blast+
|
|
|
|
-
- dep: libbz2-1.0
- библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, x32]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)
- Lightning Memory-Mapped Database shared library
-
- dep: libmbedcrypto7t64 (>= 2.28.0)
- lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library
-
- dep: libmbedtls14t64 (>= 2.28.0)
- lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library
-
- dep: libmbedx509-1t64 (>= 2.28.0) [sparc64]
- lightweight crypto and SSL/TLS library - x509 certificate library
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: ncbi-data
- Platform-independent data for the NCBI toolkit
-
- dep: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)
- библиотека сжатия
-
- enh: t-coffee
- Multiple Sequence Alignment
Загрузка ncbi-blast+
Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|---|
alpha (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 11 414,4 Кб | 59 755,0 Кб | [список файлов] |
amd64 | 2.12.0+ds-4+b1 | 12 226,1 Кб | 52 824,0 Кб | [список файлов] |
arm64 | 2.12.0+ds-4+b1 | 11 321,3 Кб | 56 237,0 Кб | [список файлов] |
armel | 2.12.0+ds-4+b1 | 10 416,5 Кб | 44 383,0 Кб | [список файлов] |
armhf | 2.12.0+ds-4+b1 | 10 664,3 Кб | 36 159,0 Кб | [список файлов] |
hppa (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 12 196,1 Кб | 55 431,0 Кб | [список файлов] |
i386 | 2.12.0+ds-4+b1 | 13 067,7 Кб | 51 440,0 Кб | [список файлов] |
ia64 (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 13 417,0 Кб | 85 192,0 Кб | [список файлов] |
m68k (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 11 678,1 Кб | 48 393,0 Кб | [список файлов] |
mips64el | 2.12.0+ds-4+b1 | 8 912,6 Кб | 61 322,0 Кб | [список файлов] |
ppc64 (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 12 120,1 Кб | 68 076,0 Кб | [список файлов] |
ppc64el | 2.12.0+ds-4+b1 | 12 133,2 Кб | 63 275,0 Кб | [список файлов] |
riscv64 | 2.12.0+ds-4+b2 | 11 810,1 Кб | 43 898,0 Кб | [список файлов] |
s390x | 2.12.0+ds-4+b1 | 11 697,8 Кб | 52 282,0 Кб | [список файлов] |
sh4 (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 13 662,6 Кб | 51 600,0 Кб | [список файлов] |
sparc64 (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 10 724,6 Кб | 141 421,0 Кб | [список файлов] |
x32 (неофициальный перенос) | 2.12.0+ds-4+b1 | 12 208,2 Кб | 47 947,0 Кб | [список файлов] |