[ buster ] [ bullseye ] [ bullseye-backports ] [ bookworm ] [ trixie ] [ sid ]

[ Источник: ncbi-blast+ ]

Пакет: ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3 и другие)

Ссылки для ncbi-blast+

Ресурсы Debian:

Исходный код ncbi-blast+:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.ncbi.nlm.nih.gov]

Подобные пакеты:

поиск первичных биологических последовательностей

Популярная программа для поиска гомологичных последовательностей. Есть варианты BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), которые сравнивают нуклеотидные последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков, есть, которые сравнивают аминокислотные последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков, а также есть варианты способные транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные и потом выполнять поиск по соответствующим базам. PSI-BLAST создаёт PSSM (Position Specific Scoring Matrix) при поиске белковых гомологов и использует её для дальнейших поисков. Можно также выполнять поиск белков и нуклеотидов по базе данных PSSM. NCBI поддерживает веб-страницу BLAST по адресу blast.ncbi.nlm.nih.gov, а также сетевой сервис поиска известных последовательностей.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к ncbi-blast+

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbz2-1.0

библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
dep: libc6 (>= 2.33)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

Lightning Memory-Mapped Database shared library
dep: libmbedcrypto7 (>= 2.28.0)

lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library
dep: libmbedtls14 (>= 2.28.0)

lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library
dep: libpcre3

устаревшая библиотека поддержки регулярных выражений, совместимых с Perl5 — файлы времени исполнения
dep: libstdc++6 (>= 11)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: ncbi-data

Platform-independent data for the NCBI toolkit
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

библиотека сжатия

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

Загрузка ncbi-blast+

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.12.0+ds-3+b1	11 644,2 Кб	50 560,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.12.0+ds-3+b1	10 667,5 Кб	49 066,0 Кб	[список файлов]
armel	2.12.0+ds-3+b1	9 767,0 Кб	41 076,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.12.0+ds-3+b1	10 020,6 Кб	33 972,0 Кб	[список файлов]
i386	2.12.0+ds-3+b1	12 566,7 Кб	49 759,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.12.0+ds-3+b1	8 641,6 Кб	56 123,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.12.0+ds-3+b1	8 748,4 Кб	55 228,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.12.0+ds-3+b1	11 749,7 Кб	61 741,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.12.0+ds-3+b1	10 451,1 Кб	50 676,0 Кб	[список файлов]