Пакет: clonalframeml (1.13-1)

Ссылки для clonalframeml

Ресурсы Debian:

Исходный код clonalframeml:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Другие пакеты, относящиеся к clonalframeml

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime

Загрузка clonalframeml

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	95,5 Кб	344,0 Кб	[список файлов]
amd64	103,9 Кб	283,0 Кб	[список файлов]
arm64	88,0 Кб	279,0 Кб	[список файлов]
armel	90,4 Кб	254,0 Кб	[список файлов]
armhf	86,3 Кб	182,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	97,9 Кб	252,0 Кб	[список файлов]
i386	103,4 Кб	286,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	126,4 Кб	545,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	92,9 Кб	262,0 Кб	[список файлов]
mips64el	94,0 Кб	349,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	100,4 Кб	343,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	103,3 Кб	343,0 Кб	[список файлов]
riscv64	98,2 Кб	207,0 Кб	[список файлов]
s390x	103,4 Кб	283,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	126,3 Кб	278,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	86,3 Кб	1 050,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	108,1 Кб	286,0 Кб	[список файлов]