パッケージ: clonalframeml (1.13-1)
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- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes
ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.
ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues
その他の clonalframeml 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
clonalframeml のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 95.5 kB | 344.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 103.9 kB | 283.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 88.0 kB | 279.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 90.4 kB | 254.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 86.3 kB | 182.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 97.9 kB | 252.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 103.4 kB | 286.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 126.4 kB | 545.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 92.9 kB | 262.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 94.0 kB | 349.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 100.4 kB | 343.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 103.3 kB | 343.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 98.2 kB | 207.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 103.4 kB | 283.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 126.3 kB | 278.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 86.3 kB | 1,050.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 108.1 kB | 286.0 kB | [ファイル一覧] |