Пакет: bedtools (2.31.1+dfsg-2 и другие)

Ссылки для bedtools

Ресурсы Debian:

Исходный код bedtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Комплект, Цель: use::analysing, use::comparing, Преобразование данных, use::filtering, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к bedtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbz2-1.0 [не sparc64]

библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Пакет недоступен
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [не sparc64]

библиотека для работы с архивами в формате XZ
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не sparc64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не sparc64]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Загрузка bedtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	608,1 Кб	2 458,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661,8 Кб	2 106,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.31.1+dfsg-2	574,4 Кб	2 006,0 Кб	[список файлов]
armel	2.31.1+dfsg-2	547,2 Кб	1 817,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564,5 Кб	1 313,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	621,0 Кб	1 976,0 Кб	[список файлов]
i386	2.31.1+dfsg-2	727,9 Кб	2 301,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	796,8 Кб	4 272,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	623,5 Кб	2 045,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582,9 Кб	2 599,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	658,7 Кб	2 710,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664,1 Кб	2 518,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644,0 Кб	1 603,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646,6 Кб	2 162,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	752,8 Кб	1 942,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.26.0+dfsg-5	460,9 Кб	1 898,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	665,9 Кб	2 001,0 Кб	[список файлов]