Пакет: yanosim (0.1-3)

Ссылки для yanosim

Ресурсы Debian:

Исходный код yanosim:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

Другие пакеты, относящиеся к yanosim

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3

Загрузка yanosim

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
arm64	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
armel	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
armhf	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
i386	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
mips64el	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
mipsel	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	9,1 Кб	45,0 Кб	[список файлов]