パッケージ: yanosim (0.1-3)

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

その他の yanosim 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3

yanosim のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
armel	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
i386	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]