Пакет: umis (1.0.7-1 и другие)

Ссылки для umis

Ресурсы Debian:

Исходный код umis:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Другие пакеты, относящиеся к umis

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [не arm64, ppc64el]
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-regex

alternative regular expression module (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3
dep: python3-toolz

List processing tools and functional utilities

sug: umis-examples

tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Загрузка umis

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.0.7-1+b1	25,2 Кб	114,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.7-1+b1	24,8 Кб	110,0 Кб	[список файлов]
armel	1.0.7-1+b1	25,7 Кб	109,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.0.7-1+b1	24,3 Кб	105,0 Кб	[список файлов]
i386	1.0.7-1+b1	25,7 Кб	109,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.7-1+b1	25,1 Кб	111,0 Кб	[список файлов]
mipsel	1.0.7-1+b1	25,0 Кб	110,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.7-1+b1	25,6 Кб	158,0 Кб	[список файлов]