Пакет: stringtie (2.1.4+ds-4)

Ссылки для stringtie

Ресурсы Debian:

Исходный код stringtie:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [ccb.jhu.edu]

Подобные пакеты:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Другие пакеты, относящиеся к stringtie

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [не amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

библиотека сжатия

rec: stringtie-examples

Пакет недоступен

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Загрузка stringtie

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	397,0 Кб	1 018,0 Кб	[список файлов]
arm64	340,6 Кб	970,0 Кб	[список файлов]
armel	332,9 Кб	949,0 Кб	[список файлов]
armhf	344,0 Кб	657,0 Кб	[список файлов]
i386	419,7 Кб	1 237,0 Кб	[список файлов]
mips64el	356,1 Кб	1 194,0 Кб	[список файлов]
mipsel	350,4 Кб	1 177,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	402,0 Кб	1 310,0 Кб	[список файлов]
s390x	354,9 Кб	1 078,0 Кб	[список файлов]