Пакет: murasaki-mpi (1.68.6-12)

Ссылки для murasaki-mpi

Ресурсы Debian:

Исходный код murasaki:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Подобные пакеты:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Другие пакеты, относящиеся к murasaki-mpi

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

библиотека Boost.Iostreams
dep: libboost-regex1.74.0-icu67

виртуальный пакет, предоставляемый libboost-regex1.74.0
dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Загрузка murasaki-mpi

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	626,2 Кб	4 074,0 Кб	[список файлов]
arm64	550,4 Кб	3 706,0 Кб	[список файлов]
armel	407,7 Кб	2 488,0 Кб	[список файлов]
armhf	419,1 Кб	1 772,0 Кб	[список файлов]
i386	640,9 Кб	3 828,0 Кб	[список файлов]
mips64el	593,2 Кб	5 060,0 Кб	[список файлов]
mipsel	583,0 Кб	4 406,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	627,7 Кб	5 202,0 Кб	[список файлов]
s390x	557,9 Кб	4 274,0 Кб	[список файлов]