Пакет: jellyfish (2.3.0-10)

Ссылки для jellyfish

Ресурсы Debian:

Исходный код jellyfish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.cbcb.umd.edu]

Подобные пакеты:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Другие пакеты, относящиеся к jellyfish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-10)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 9)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка jellyfish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	771,0 Кб	2 485,0 Кб	[список файлов]
arm64	688,8 Кб	2 297,0 Кб	[список файлов]
armel	639,3 Кб	1 847,0 Кб	[список файлов]
armhf	664,7 Кб	1 435,0 Кб	[список файлов]
i386	750,8 Кб	2 251,0 Кб	[список файлов]
mips64el	651,8 Кб	2 991,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	739,1 Кб	2 957,0 Кб	[список файлов]