[ ソース: jellyfish ]
パッケージ: jellyfish (2.3.0-10)
jellyfish に関するリンク
Debian の資源:
jellyfish ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Shaun Jackman (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Michael R. Crusoe (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [www.cbcb.umd.edu]
類似のパッケージ:
count k-mers in DNA sequences
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
その他の jellyfish 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-10)
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
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- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
jellyfish のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 771.0 kB | 2,485.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 688.8 kB | 2,297.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 639.3 kB | 1,847.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 664.7 kB | 1,435.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 750.8 kB | 2,251.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 651.8 kB | 2,991.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 739.1 kB | 2,957.0 kB | [ファイル一覧] |