Пакет: rsem (1.3.3+dfsg-1)

Ссылки для rsem

Ресурсы Debian:

Исходный код rsem:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [deweylab.github.io]

Подобные пакеты:

RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Другие пакеты, относящиеся к rsem

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bowtie

Ultrafast memory-efficient short read aligner

или bowtie2

ultrafast memory-efficient short read aligner
dep: libc6 (>= 2.15) [не arm64, ppc64el]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не ppc64el]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 9)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system

sug: hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
sug: r-bioc-ebseq

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Загрузка rsem

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	35 292,1 Кб	37 142,0 Кб	[список файлов]
arm64	35 239,1 Кб	36 906,0 Кб	[список файлов]
mips64el	35 266,3 Кб	37 493,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	35 291,9 Кб	37 730,0 Кб	[список файлов]
s390x	35 240,8 Кб	37 130,0 Кб	[список файлов]