Пакет: kleborate (2.0.1-1)

Ссылки для kleborate

Ресурсы Debian:

Исходный код kleborate:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Другие пакеты, относящиеся к kleborate

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
dep: kaptive-data

reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies
dep: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
dep: ncbi-blast+

поиск первичных биологических последовательностей
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-distutils

distutils package for Python 3.x

Загрузка kleborate

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	4 970,5 Кб	36 700,0 Кб	[список файлов]
arm64	4 970,5 Кб	36 700,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5 015,0 Кб	37 996,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	4 986,6 Кб	39 724,0 Кб	[список файлов]
s390x	4 973,6 Кб	36 700,0 Кб	[список файлов]