Пакет: centrifuge (1.0.3-11)

Ссылки для centrifuge

Ресурсы Debian:

Исходный код centrifuge:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [ccb.jhu.edu]

Подобные пакеты:

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Другие пакеты, относящиеся к centrifuge

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
dep: jellyfish

count k-mers in DNA sequences
dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 11)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Загрузка centrifuge

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	541,3 Кб	1 663,0 Кб	[список файлов]
arm64	501,1 Кб	1 597,0 Кб	[список файлов]
armel	496,7 Кб	1 653,0 Кб	[список файлов]
armhf	486,7 Кб	1 269,0 Кб	[список файлов]
i386	552,2 Кб	1 813,0 Кб	[список файлов]
mips64el	525,8 Кб	1 894,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	564,0 Кб	1 853,0 Кб	[список файлов]