Paquet : centrifuge (1.0.3-11)

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système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

Centrifuge est un système très rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN d’échantillons microbiens, avec une meilleure sensibilité et une précision similaire que d’autres systèmes éminents. Le système utilise an nouveau schéma d’indexation basé sur la transformation de Burrows-Wheeler (BWT) et l’index de Ferragina-Manzini (FM), optimisés spécifiquement pour le problème de classification métagénomique. Centrifuge nécessite un index relativement petit (par exemple, 4,3 Go pour environ 4100 génomes de bactéries), mais propose une vitesse de classification très rapide lui permettant de procéder à une séquençage ADN classique en une heure. Ces avancées permettent une analyse rapide et précise de grands ensembles de données métagénomiques sur des ordinateurs de bureau conventionnels.

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dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386]

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dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	541,3 ko	1 663,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	501,1 ko	1 597,0 ko	[liste des fichiers]
armel	496,7 ko	1 653,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	486,7 ko	1 269,0 ko	[liste des fichiers]
i386	552,2 ko	1 813,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	525,8 ko	1 894,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	564,0 ko	1 853,0 ko	[liste des fichiers]