Pakiet: rsem (1.3.3+dfsg-3 i inne)

Odnośniki dla rsem

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego rsem:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [deweylab.github.io]

Podobne pakiety:

RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Inne pakiety związane z rsem

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bowtie

Ultrafast memory-efficient short read aligner

lub bowtie2

ultrafast memory-efficient short read aligner
dep: libc6 (>= 2.15) [m68k]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, m68k, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

Pakiet niedostępny
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Pakiet niedostępny
dep: libhts3 (>= 1.10) [sh4]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie m68k, sh4]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie m68k, sh4]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

dep: libstdc++6 (>= 9) [sh4]
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python [m68k]

Pakiet niedostępny
dep: python3 [nie m68k]

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sh4, sparc64]

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k]

sug: hisat2 [nie m68k, sh4]

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
sug: r-bioc-ebseq

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Pobieranie rsem

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 275,3 KiB	37 674,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.3.3+dfsg-3+b1	35 295,5 KiB	37 100,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.3+dfsg-3+b1	35 231,6 KiB	37 212,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 265,2 KiB	36 898,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.26+dfsg-2	402,7 KiB	2 457,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35 248,4 KiB	37 606,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 258,0 KiB	37 532,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35 270,7 KiB	37 532,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.3.3+dfsg-3+b2	35 274,5 KiB	36 648,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.3+dfsg-3+b1	35 294,8 KiB	37 180,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.3.2+dfsg-2+b1	35 337,5 KiB	36 915,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 221,8 KiB	50 502,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 299,9 KiB	37 017,0 KiB	[lista plików]