Pakiet: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 i inne)

Odnośniki dla progressivemauve

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego progressivemauve:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [darlinglab.org]

Podobne pakiety:

multiple genome alignment algorithms

The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.

Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.

Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.

Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.

Mauve is developed at the University of Wisconsin.

Inne pakiety związane z progressivemauve

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

program options library for C++
dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

program options library for C++
dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

Operating system (e.g. diagnostics support) library
dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sparc64, x32]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)

toolkit for developing bioinformatic related software
dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725) [alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to support DNA string matching and comparative genomics
dep: libmems1t64 (>= 1.6.0+4725) [nie alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to support DNA string matching and comparative genomics
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565) [sparc64]

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

enh: mauve-aligner

multiple genome alignment

Pobieranie progressivemauve

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	892,3 KiB	6 441,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	850,6 KiB	5 393,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	791,1 KiB	5 774,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	671,7 KiB	3 966,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	668,8 KiB	3 070,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,2 KiB	5 325,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	842,1 KiB	5 254,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	1 091,3 KiB	9 489,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	811,2 KiB	5 262,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	823,7 KiB	6 838,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	852,6 KiB	7 313,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	877,5 KiB	6 863,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,3 KiB	4 687,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	729,4 KiB	5 366,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	920,5 KiB	5 641,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	813,5 KiB	27 865,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	887,1 KiB	5 310,0 KiB	[lista plików]