Pakiet: fastml (3.11-4)

Odnośniki dla fastml

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego fastml:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [fastml.tau.ac.il]

Podobne pakiety:

maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction

FastML is a bioinformatics tool for the reconstruction of ancestral sequences based on the phylogenetic relations between homologous sequences. FastML runs several algorithms that reconstruct the ancestral sequences with emphasis on an accurate reconstruction of both indels and characters. For character reconstruction the previously described FastML algorithms are used to efficiently infer the most likely ancestral sequences for each internal node of the tree. Both joint and the marginal reconstructions are provided. For indels reconstruction the sequences are first coded according to the indel events detected within the multiple sequence alignment (MSA) and then a state-of-the-art likelihood model is used to reconstruct ancestral indels states. The results are the most probable sequences, together with posterior probabilities for each character and indel at each sequence position for each internal node of the tree. FastML is generic and is applicable for any type of molecular sequences (nucleotide, protein, or codon sequences).

Inne pakiety związane z fastml

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie fastml

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	811,5 KiB	3 999,0 KiB	[lista plików]
amd64	925,6 KiB	3 474,0 KiB	[lista plików]
arm64	774,3 KiB	3 290,0 KiB	[lista plików]
armel	771,6 KiB	3 195,0 KiB	[lista plików]
armhf	769,9 KiB	2 187,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	818,6 KiB	3 237,0 KiB	[lista plików]
i386	939,9 KiB	3 547,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1 023,3 KiB	7 140,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	833,8 KiB	3 359,0 KiB	[lista plików]
mips64el	768,4 KiB	4 153,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	863,6 KiB	4 250,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	880,4 KiB	4 058,0 KiB	[lista plików]
riscv64	880,2 KiB	2 502,0 KiB	[lista plików]
s390x	913,6 KiB	3 634,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1 026,7 KiB	3 163,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	700,2 KiB	5 156,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	931,8 KiB	3 327,0 KiB	[lista plików]