パッケージ: fastml (3.11-4)
maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction
FastML is a bioinformatics tool for the reconstruction of ancestral sequences based on the phylogenetic relations between homologous sequences. FastML runs several algorithms that reconstruct the ancestral sequences with emphasis on an accurate reconstruction of both indels and characters. For character reconstruction the previously described FastML algorithms are used to efficiently infer the most likely ancestral sequences for each internal node of the tree. Both joint and the marginal reconstructions are provided. For indels reconstruction the sequences are first coded according to the indel events detected within the multiple sequence alignment (MSA) and then a state-of-the-art likelihood model is used to reconstruct ancestral indels states. The results are the most probable sequences, together with posterior probabilities for each character and indel at each sequence position for each internal node of the tree. FastML is generic and is applicable for any type of molecular sequences (nucleotide, protein, or codon sequences).
その他の fastml 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
fastml のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 811.5 kB | 3,999.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 925.6 kB | 3,474.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 774.3 kB | 3,290.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 771.6 kB | 3,195.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 769.9 kB | 2,187.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 818.6 kB | 3,237.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 939.9 kB | 3,547.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 1,023.3 kB | 7,140.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 833.8 kB | 3,359.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 768.4 kB | 4,153.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 863.6 kB | 4,250.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 880.4 kB | 4,058.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 880.2 kB | 2,502.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 913.6 kB | 3,634.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 1,026.7 kB | 3,163.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 700.2 kB | 5,156.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 931.8 kB | 3,327.0 kB | [ファイル一覧] |