Pakiet: freecontact (1.0.21-9)

Odnośniki dla freecontact

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego freecontact:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [rostlab.org]

Podobne pakiety:

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Inne pakiety związane z freecontact

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

program options library for C++
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [nie amd64, arm64, ppc64el]
dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

fast protein contact predictor library
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]
dep: libxerces-c3.2

validating XML parser library for C++
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

sug: bash-completion

Programowalne dopełnianie dla powłoki bash
sug: hhsuite

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
sug: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Pobieranie freecontact

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	360,6 KiB	1 733,0 KiB	[lista plików]
arm64	328,3 KiB	1 689,0 KiB	[lista plików]
armel	309,4 KiB	1 508,0 KiB	[lista plików]
armhf	315,5 KiB	1 240,0 KiB	[lista plików]
i386	372,5 KiB	1 780,0 KiB	[lista plików]
mips64el	352,0 KiB	2 427,0 KiB	[lista plików]
mipsel	351,4 KiB	2 253,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	361,9 KiB	2 077,0 KiB	[lista plików]
s390x	327,9 KiB	1 765,0 KiB	[lista plików]