Pakiet: hhsuite (3.3.0+ds-4 i inne)

Odnośniki dla hhsuite

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego hhsuite:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [toolkit.tuebingen.mpg.de]

Podobne pakiety:

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Inne pakiety związane z hhsuite

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-4)

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, ppc64el]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 9)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Pobieranie hhsuite

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	3.3.0+ds-4+b3	53 410,1 KiB	463 000,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.3.0+ds-4+b3	10 089,7 KiB	76 655,0 KiB	[lista plików]
armel	3.3.0+ds-4+b3	10 080,8 KiB	77 050,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.3.0+ds-4+b3	10 046,9 KiB	75 178,0 KiB	[lista plików]
i386	3.3.0+ds-4+b3	71 759,6 KiB	622 971,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.3.0+ds-4+b3	24 354,6 KiB	95 023,0 KiB	[lista plików]
mipsel	3.3.0+ds-4+b3	10 072,4 KiB	78 716,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.3.0+ds-4+b3	10 277,3 KiB	79 371,0 KiB	[lista plików]