Pakiet: crac (2.5.2+dfsg-4)

Odnośniki dla crac

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego crac:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [crac.gforge.inria.fr]

Podobne pakiety:

integrated RNA-Seq read analysis

CRAC is a tool to analyze High Throughput Sequencing (HTS) data in comparison to a reference genome. It is intended for transcriptomic and genomic sequencing reads. More precisely, with transcriptomic reads as input, it predicts point mutations, indels, splice junction, and chimeric RNAs (ie, non colinear splice junctions). CRAC can also output positions and nature of sequence error that it detects in the reads. CRAC uses a genome index. This index must be computed before running the read analysis. For this sake, use the command "crac-index" on your genome files. You can then process the reads using the command crac. See the man page of CRAC (help file) by typing "man crac". CRAC requires large amount of main memory on your computer. For processing against the Human genome, say 50 million reads of 100 nucleotide each, CRAC requires about 40 gigabytes of main memory. Check whether the system of your computing server is equipped with sufficient amount of memory before launching an analysis.

Inne pakiety związane z crac

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libgkarrays1 (>= 2.1.0+dfsg)

library to query large collection of NGS sequences
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 9)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie crac

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	448,9 KiB	2 258,0 KiB	[lista plików]
arm64	432,8 KiB	2 213,0 KiB	[lista plików]
armel	415,7 KiB	2 167,0 KiB	[lista plików]
armhf	416,2 KiB	2 031,0 KiB	[lista plików]
i386	461,9 KiB	2 307,0 KiB	[lista plików]
mips64el	469,6 KiB	2 459,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	477,5 KiB	2 435,0 KiB	[lista plików]