Pakiet: stringtie (2.2.1+ds-2)

Odnośniki dla stringtie

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego stringtie:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [ccb.jhu.edu]

Podobne pakiety:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Inne pakiety związane z stringtie

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.33)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, i386, mips64el, mipsel]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libhts3 (>= 1.13)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

rec: stringtie-examples

Pakiet niedostępny

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie stringtie

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	387,2 KiB	997,0 KiB	[lista plików]
arm64	337,6 KiB	937,0 KiB	[lista plików]
armel	334,3 KiB	952,0 KiB	[lista plików]
armhf	342,1 KiB	664,0 KiB	[lista plików]
i386	418,0 KiB	1 244,0 KiB	[lista plików]
mips64el	348,1 KiB	1 159,0 KiB	[lista plików]
mipsel	349,4 KiB	1 176,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	401,3 KiB	1 245,0 KiB	[lista plików]
s390x	350,1 KiB	1 053,0 KiB	[lista plików]