Paquet : stringtie (2.2.1+ds-2)

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Paquets similaires :

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Autres paquets associés à stringtie

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.33)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, i386, mips64el, mipsel]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libhts3 (>= 1.13)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

rec: stringtie-examples

Paquet indisponible

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Télécharger stringtie

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	387,2 ko	997,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	337,6 ko	937,0 ko	[liste des fichiers]
armel	334,3 ko	952,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	342,1 ko	664,0 ko	[liste des fichiers]
i386	418,0 ko	1 244,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	348,1 ko	1 159,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	349,4 ko	1 176,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	401,3 ko	1 245,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	350,1 ko	1 053,0 ko	[liste des fichiers]