[ trixie ]
[ sid ]
[ ソース: bifrost ]
パッケージ: bifrost (1.3.1-1)
parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.
* Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph * No need to build the uncompacted de Bruijn graph * Reads or assembled genomes as input * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary * Graph cleaning: short tip clipping, etc. * Multi-threaded * No parameters to estimate with other tools * Exact or approximate k-mer search of queries
その他の bifrost 関連パッケージ
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- dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)
- library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, ia64, riscv64, sparc64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
bifrost のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 481.4 kB | 1,305.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 500.0 kB | 1,222.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 470.1 kB | 1,173.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 563.5 kB | 1,966.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 462.5 kB | 1,326.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 504.8 kB | 1,366.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 510.8 kB | 1,366.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 505.7 kB | 1,006.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 510.2 kB | 1,273.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 468.5 kB | 1,311.0 kB | [ファイル一覧] |