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パッケージ: seaview (1:5.0.4-1)

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Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

SeaView is a viewer and editor of multiple sequence alignments, i.e. DNA or protein sequences are positioned each in their own separate line, such that the nucleotide/amino acid at a particular position (column) is presumed to have the same biochemical property.

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0.

SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::c++, ユーザインタフェース: コマンドライン, interface::graphical, interface::x11, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: 追加のタグが必要, 役割: role::program, scope::utility, インタフェースツールキット: FLTK, 目的: 追加のタグが必要, use::comparing, use::editing, 印刷, use::viewing, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: works-with::biological-sequence, x11::application

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armel 325.6 kB910.0 kB [ファイル一覧]
armhf 325.9 kB690.0 kB [ファイル一覧]
i386 403.3 kB1,067.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 378.7 kB1,190.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 379.9 kB1,147.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 425.1 kB1,278.0 kB [ファイル一覧]
s390x 356.5 kB1,058.0 kB [ファイル一覧]