パッケージ: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

その他の lumpy-sv 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bamkit

tools for common BAM file manipulations
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

lumpy-sv のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	181.5 kB	631.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	159.7 kB	563.0 kB	[ファイル一覧]
armel	153.3 kB	545.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	161.4 kB	433.0 kB	[ファイル一覧]
i386	198.4 kB	673.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	167.4 kB	720.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	175.8 kB	708.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	183.2 kB	803.0 kB	[ファイル一覧]