パッケージ: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 など)
progressivemauve に関するリンク
Debian の資源:
progressivemauve ソースパッケージをダウンロード:
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg-5.dsc]
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg.orig.tar.xz]
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg-5.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [darlinglab.org]
類似のパッケージ:
multiple genome alignment algorithms
The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.
Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.
Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.
Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.
Mauve is developed at the University of Wisconsin.
その他の progressivemauve 関連パッケージ
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- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)
- C++ でのファイルシステム操作 (ポータブルなパス、ディレクトリの列挙など)
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- dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)
- Boost.Iostreams ライブラリ
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- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)
- C++ 用プログラムオプションライブラリ
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
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- dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)
- toolkit for developing bioinformatic related software
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- dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725)
- library to support DNA string matching and comparative genomics
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]
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- enh: mauve-aligner
- multiple genome alignment
progressivemauve のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 849.1 kB | 5,581.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 796.5 kB | 5,054.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 651.6 kB | 3,950.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 646.6 kB | 2,990.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 838.8 kB | 5,370.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 811.6 kB | 6,117.0 kB | [ファイル一覧] |
| mipsel | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 835.7 kB | 6,059.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 886.8 kB | 7,375.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 | 736.0 kB | 5,594.0 kB | [ファイル一覧] |