Package: reapr (1.0.18+dfsg-6)

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strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici

REAPR è uno strumento che valuta l'accuratezza di un assemblaggio genomico usando letture a terminali accoppiati mappate, senza l'uso di un genoma di riferimento come confronto. Può essere utilizzato in qualunque stadio di una catena di elaborazione di assemblaggio, per spezzare automaticamente strutture non corrette e segnalare altri errori nell'assemblaggio per l'ispezione manuale. Riporta assemblaggi non corretti e altri avvertimenti, e produce un nuovo assemblaggio spezzato sulla base degli errori.

Il software richiede come input un assemblaggio in formato FASTA e letture accoppiate mappate sull'assemblaggio in un file BAM. Le informazioni di mappatura, come la copertura di un frammento e la distribuzione delle dimensioni di inserimento, vengono analizzate per trovare assemblaggi non corretti. REAPR funziona meglio usando coppie di letture mappate da un catalogo di grandi inserimenti (almeno 1000pb). In aggiunta, se è disponibile anche un catalogo Illumina di inserimenti corti, REAPR può combinarlo con quello dei grandi inserimenti per dare un punteggio a ciascuna base dell'assemblaggio.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

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estensione Perl per sostituire un collegamento con una copia del file collegato
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

libreria di supporto a GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

libreria GNU Standard C++, versione 3
dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

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elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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strumento per mappatura e allineamento di sequenze
dep: snpomatic

software per mappatura di letture corte veloce e stringente
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indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB

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