Package: openbabel (3.1.1+dfsg-11 and others)

cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

 * aggiunta e cancellazione di idrogeni;
 * supporto per meccanica molecolare;
 * supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
 * rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami,
   ibridizzazioni, aromaticità);
 * tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle
   coordinate atomiche;
 * calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

 * obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
 * obenergy: calcola l'energia di una molecola;
 * obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
 * obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
 * obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
 * obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
 * obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
 * obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
 * obconformer: genera conformeri a bassa energia;
 * obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
 * obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non
   interattiva;
 * obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.

Tags: Field: Chemistry, Implemented in: C++, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion

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