Package: fastlink (4.1P-fix100+dfsg-5 and others)

versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree

L'analisi di linkage è una tecnica statistica usata per mappare geni e trovare la posizione approssimata di geni responsabili di malattie. Per le analisi di linkage esisteva un pacchetto software standard chiamato LINKAGE. FASTLINK è una versione fortemente modificata e migliorata del programma principale di LINKAGE che gira molto più velocemente in modo sequenziale, può essere eseguita in parallelo, permette all'utente di ripartire facilmente se il computer va in crash e fornisce abbondante documentazione nuova. FASTLINK è stato usato in più di 1000 studi genetici di linkage pubblicati.

Questo pacchetto contiene i seguenti programmi:

 ilink:    procedura di ottimizzazione GEMINI per trovare un valore locale
           ottimale per il vettore theta delle frazioni di ricombinazione;
 linkmap:  calcola i punteggi delle posizioni di un locus rispetto a una
           mappa fissata di altri loci;
 lodscore: compara la verosimiglianza corrispondente al theta locale
           ottimale;
 mlink:    calcola i punteggi LOD e il rischio con due o più loci;
 unknown:  identifica possibili genotipi per sconosciuti.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, Works with: Need an extra tag

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