Package: toppred (1.10-10 and others)
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predizione della topologia transmembrana
Toppred è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basandosi sull'algoritmo di G. von Heijne.
Ciascuna sequenza dai dati di sequenziamento in formato fasta è elaborata e toppred genera il profilo Hydrophobycity della sequenza e i corrispondenti valori di idrofobicità nel file sequence-ID.hydro.
Inoltre, le topologie predette sono rappresentate come immagini PNG. Ciascuna topologia è memorizzata nel file sequence-ID-number.png.
Il profilo di idrofobicità è calcolato usando una finestra formata da una finestra centrale rettangolare di dimensione n, affiancata da 2 finestre triangolari di dimensione q. N.B.: rettangolare e triangolare indicano che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.
Questo programma è una nuova implementazione del programma toppred originale, basato sull'algoritmo di G. von Heijne.
Other Packages Related to toppred
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- dep: libc6 (>= 2.29) [x32]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4, x32]
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
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- dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)
- libreria grafica GD
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- dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1) [sparc64]
- libreria PNG - runtime (versione 1.6)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]
- libreria di compressione - runtime
Download toppred
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 1.10-10 | 44.3 kB | 229.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 1.10-10 | 43.4 kB | 213.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1.10-10 | 41.6 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| armel | 1.10-10 | 42.8 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1.10-10 | 40.4 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 1.10-10 | 42.2 kB | 205.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1.10-10 | 44.2 kB | 212.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 1.10-10 | 50.5 kB | 251.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 1.10-10 | 41.7 kB | 212.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1.10-10 | 42.9 kB | 232.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 1.10-10 | 45.3 kB | 229.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1.10-10 | 45.7 kB | 229.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 1.10-10+b1 | 43.4 kB | 206.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1.10-10 | 41.4 kB | 208.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 1.10-10 | 45.1 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 1.10-10 | 41.1 kB | 1,190.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 1.10-9 | 43.8 kB | 208.0 kB | [list of files] |