Package: snap-aligner (2.0.3+dfsg-2)

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Homepage [snap.cs.berkeley.edu]

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SNAP (Scalable Nucleotide Alignment Program) è un nuovo allineatore di sequenze che è da 3 a 20 volte più veloce, e altrettanto accurato, rispetto agli strumenti esistenti come BWA-mem, Bowtie2 e Novoalign. Gira su normali processori x86 e gestisce un ricco modello di errori che gli permette con poco sforzo di trovare corrispondenze per letture con più differenze rispetto a quelle di riferimento, di quanto non facciano altri strumenti. Questo dà a SNAP un tasso di errore fino a due volte inferiore agli strumenti esistenti (in certi casi) e gli permette di trovare corrispondenze in caso di mutazioni più ampie che essi potrebbero non trovare. Inoltre SNAP legge nativamente BAM, FASTQ o FASTQ compresso con gzip, e scrive nativamente SAM o BAM, con ordinamento incorporato, marcatura di duplicati e indicizzazione BAM.

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dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

libreria di compressione - runtime

Download snap-aligner

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	808.2 kB	2,210.0 kB	[list of files]
amd64	814.1 kB	2,054.0 kB	[list of files]
arm64	788.5 kB	1,950.0 kB	[list of files]
mips64el	812.7 kB	2,544.0 kB	[list of files]
ppc64el	838.3 kB	2,462.0 kB	[list of files]
riscv64	829.6 kB	1,770.0 kB	[list of files]