Package: r-bioc-gviz (1.48.0+dfsg-1)
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Debian Resources:
Download Source Package r-bioc-gviz:
- [r-bioc-gviz_1.48.0+dfsg-1.dsc]
- [r-bioc-gviz_1.48.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [r-bioc-gviz_1.48.0+dfsg-1.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [bioconductor.org]
Similar packages:
disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
Le analisi di dati genomici richiedono una visualizzazione integrata delle informazioni genomiche note e dei nuovi dati sperimentali. Gviz usa i pacchetti biomaRt e rtracklayer per effettuare le interrogazioni dal vivo delle annotazioni su Ensembl e UCSC e le traduce, ad esempio, in strutture gene/trascritto in viewport del pacchetto grafico grid. Ciò porta al disegno delle informazioni genomiche insieme ai dati dell'utente.
Other Packages Related to r-bioc-gviz
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- dep: r-api-4.0
- virtual package provided by r-base-core
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- dep: r-api-bioc-3.19
- virtual package provided by r-bioc-biocgenerics
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- dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)
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- dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)
- funzioni base per Bioconductor
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- dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)
- funzioni generiche per Bioconductor
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- dep: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)
- interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)
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- infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings
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- dep: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)
- utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
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- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)
- utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi
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- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)
- rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
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- dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)
- strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle
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- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)
- rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
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- dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)
- contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R
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- dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)
- allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R
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- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)
- interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
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- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)
- implementazione di vettori e liste per BioConductor S4
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- dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)
- rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor
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- dep: r-cran-digest (>= 0.6.8)
- pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R
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- dep: r-cran-lattice
- pacchetto GNU R per grafici "Trellis"
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- dep: r-cran-latticeextra (>= 0.6-26)
- pacchetto GNU R per visualizzazioni grafiche aggiuntive basate su griglie
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- metodi GNU R che si applicano a righe e colonne di una matrice
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- pacchetto GNU R che fornisce tavolozze adeguate di colori
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- sug: r-cran-knitr
- GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
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- sug: r-cran-rmarkdown
- convert R markdown documents into a variety of formats
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- sug: r-cran-testthat
- suite di test di GNU R
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- sug: r-cran-xml2
- analizzatore XML per GNU R
Download r-bioc-gviz
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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all | 5,044.6 kB | 6,999.0 kB | [list of files] |