[ Source: discosnp ]
Package: discosnp (1:2.6.2-3 and others)
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- Homepage [colibread.inria.fr]
Similar packages:
scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).
Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.
Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:
1) la sua copertura di letture media, 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.
Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.
Other Packages Related to discosnp
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- dep: gatb-core
- toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)
- libreria dinamica del toolbox di analisi genomica
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libhdf5-103-1t64
- file runtime C di HDF5 - versione seriale
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- libreria di compressione - runtime
Download discosnp
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| ppc64el | 1:2.6.2-3+b1 | 1,426.6 kB | 3,124.0 kB | [list of files] |