Package: estscan (3.0.3-6 and others)
Links for estscan
Debian Resources:
Download Source Package estscan:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [estscan.sourceforge.net]
Similar packages:
strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF
ESTScan è un programma che può identificare le regioni codificanti in sequenze di DNA, anche se sono di bassa qualità. ESTScan inoltre identifica e corregge errori di sequenziamento che non portano a scostamento di frame. ESTScan non è un programma per predizione di geni, né è un rilevatore di finestre di lettura. Di fatti la sua forza è nel fatto che non richiede una finestra di lettura per rilevare una regione codificante. Come risultato, il programma può mancare alcuni aminoacidi tradotti al terminale N o C, ma rileva le regioni codificanti con alta selettività e sensibilità.
ESTScan sfrutta l'uso non uniforme di esanucleotidi trovato nelle regioni codificanti rispetto alle non codificanti. Questa differenza è formalizzata in un modello di Markov nascosto (HMM) non omogeneo di quinto ordine e periodo 3. In aggiunta, l'HMM di ESTScan è stato esteso per permettere inserzioni e delezioni quando queste migliorano le statistiche della regione codificante.
Other Packages Related to estscan
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- dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgfortran5 (>= 8)
- libreria runtime per applicazioni GNU Fortran
-
- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
Download estscan
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 3.0.3-6 | 56.1 kB | 257.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 3.0.3-6 | 52.5 kB | 257.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 3.0.3-6+b1 | 51.5 kB | 434.0 kB | [list of files] |
| armel | 3.0.3-6 | 51.4 kB | 237.0 kB | [list of files] |
| armhf | 3.0.3-6 | 49.6 kB | 221.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 3.0.3-6 | 53.1 kB | 241.0 kB | [list of files] |
| i386 | 3.0.3-6 | 52.7 kB | 253.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 3.0.3-6 | 61.7 kB | 287.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 3.0.3-6 | 49.9 kB | 237.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 3.0.3-6 | 53.6 kB | 256.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 3.0.3-6 | 55.2 kB | 433.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 3.0.3-6 | 54.8 kB | 433.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 3.0.3-6+b1 | 52.0 kB | 234.0 kB | [list of files] |
| s390x | 3.0.3-6 | 51.9 kB | 245.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 3.0.3-6 | 54.8 kB | 225.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 3.0.3-6 | 51.0 kB | 258.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 3.0.3-6 | 51.4 kB | 249.0 kB | [list of files] |